innerHTMLは仕様上、scriptタグの含まれるHTMLソースコードを代入しても、そのスクリプトコードは実行されません。

// 何も起きない(´・ω・`)
document.body.innerHTML = '<script>console.log('test')</script>';

element.innerHTML – Web API インターフェイス | MDN

さてどうするか。
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